Cunerakapel Kaathoven.jpg
Nog tijdens de bouw van de toren wordt al in 1519/20 de befaamde klokkengieter Geert van Wou uit Kampen aangezocht om een zestal luidklokken voor de toren te gieten. In 1555/56 voegt de Utrechtse gieter Jan Tolhuis nog een aantal klokken toe. Hij vervaardigt ook de zware Paulusklok (1660 kg), die alle latere rampen zal overleven en nu de grootste luidklok is. Na het Rampjaar (1672) zit de stad financieel ernstig aan de grond. In 1682 besluit men om 4 exemplaren van het rijke klokkenbezit te verkopen om het herstel van het kerkendak en de toren te financieren. Deze transactie levert de Rhenenaren tot op de huidige dag de bijnaam op van ‘klokkenverkopers’. Bij de torenbrand van 1897 gaan bijna alle resterende klokken verloren, inclusief de 16e eeuwse beiaard. Het doorzicht van de lantaarn wordt enigszins belemmerd door de klokkenstoel met de 44 speelklokken die de bevolking in 1958 bijeen heeft gespaard. De beiaard is gegoten door gieterij Van Bergen te Heiligerlee in de provincie Groningen. Wekelijks – meestal op donderdagochtend tijdens de markt – klimt de beiaardier naar boven voor een handmatige bespeling. Het populaire deuntje ‘Er ligt een Schatje van een Stadje aan de Rijn’ tovert bij menig oudere Rhenenaar een glimlach om de lippen.
De verbondenheid van de bevolking met kerk en toren is groot. Dit blijkt ook uit het feit dat een comité (
Stichting Beiaard Cuneratoren) de gelden voor de bespelingen bijeen brengt.