Rondeel 036.JPG
In 1580 gaat de stad Rhenen over tot de Reformatie. Aan de verering van Cunera komt hier dan abrupt een einde. Alles wat herinnert aan Cunera wordt uit de kerk verwijderd. De geestelijke Joannes Ludolphi ziet kans om de relieken in veiligheid te brengen, maar ze raken verspreid over ons land. De worgdoek en de schedel van Cunera belanden uiteindelijk bij de Oud-katholieken in Utrecht; de worgdoek komt in bruikleen bij Museum Het Catharijneconvent, maar de schedel ligt nog in het altaar van de Oud-katholieke kathedraal van St Gertrudis aan het Willemsplantsoen 2 te Utrecht.
Omstreeks 1623 ziet Jan Moors (abt van de Norbertijnerabdij van Berne) kans om een deel van de Cunera-relieken over te brengen naar Kaathoven in Brabant. De relieken worden in een aan Cunera gewijde kapel geplaatst en worden daar vereerd totdat de Vrede van Munster (1648) bepaalt dat het gebied waarin Kaathoven ligt wordt toegevoegd aan de (calvinistische) Republiek. De relieken verhuizen dan naar een kapel in Bedaf bij Uden. Dat ligt in het ‘Vrije Land van Ravenstein’. In 1784 worden de relieken verdeeld tussen de parochiekerken van Heeswijk en Berlikum. De pelgrims blijven komen en de bedevaarten worden druk bezocht.
In 1795 worden alle godsdiensten in Nederland gelijk gesteld, dus ook processies waren weer toegestaan. De protestante bevolking komt echter in verzet tegen de al te enthousiaste katholieke optochten en dit leidt uiteindelijk in 1848 tot het processieverbod ten noorden van de ‘grote rivieren’. Dit verbod geldt nog altijd.
In Rhenen worden geen pogingen gedaan om de Cuneraverering nieuw leven in te blazen. In tegendeel: het aartsbisdom Utrecht besluit in 1860 om Cunera van de heiligenkalender te verwijderen.